Στη συνεδρία με τον ορθομοριακό ιατρό, ο ασθενής θα εκθέσει τα τρέχοντα θέματα υγείας του καθώς και χρόνια προβλήματα πάσης φύσης. Κατά την πρώτη επαφή με τον ιατρό για τον προγραμματισμό του ραντεβού, ο ασθενής λαμβάνει ένα ερωτηματολόγιο εκτεταμένο που αφορά συμπτώματα από όλα τα βασικά συστήματα (γαστρεντερικό, μυοσκελετικό, καρδιαγγειακό, δέρμα, ουροποιητικό, νευρικό, οφθαλμοί κ.ά.) καθώς και ψυχολογικά προβλήματα που μπορεί να απασχολούν τον ασθενή. Επιπλέον, ο πάσχοντας συμπληρώνει τις διατροφικές του συνήθειες για να εντοπιστούν οι κατηγορίες τροφών που μπορεί να έχουν διαταράξει τον εντερικό σωλήνα από όπου και ξεκινάει η παθολογία και η εμφάνιση πολλών συμπτωμάτων στην καθ’ ημέρα πράξη.
Μια αυστηρή μελέτη του ερωτηματολογίου που έχει συμπληρώσει ο πάσχοντας, σε συνδυασμό με τις κατάλληλες ερωτήσεις από τον ιατρό της ορθομοριακής διατροφικής ιατρικής , θα οδηγήσει σε πλήρη άποψη για την έλλειψη ιχνοστοιχείων και βιταμινών καθώς και για το ποιες κατηγορίες τροφίμων θα πρέπει να αποφευχθούν τουλάχιστον για το διάστημα της ορθομοριακής θεραπείας. Συνδυαστικά με τη συμπλήρωση του ερωτηματολογίου και την εξέταση, χρήσιμες πληροφορίες μπορεί να δώσει και το τεστ δυσανεξίας των τροφών, ώστε να γίνει αντιληπτό ποιες τοξίνες τροφών έχουν προκαλέσει εντερική δυσβίωση και κατ’ επέκταση την εκάστοτε συμπτωματολογία.
Η ορθομοριακή θεραπεία είναι εξατομικευμένη ανάλογα με τις ανάγκες και ελλείψεις κάθε ασθενούς και η συνολική διάρκεια της είναι τρεις μήνες αλλάζοντας σταδιακά τις κατηγορίες τροφών και τα ιχνοστοιχεία που είναι απαραίτητα. Κάθε μήνα γίνεται επαναξιολόγηση του πάσχοντα και εκτιμάται η πορεία της υγείας του.
Η διάρκεια της πρώτης ορθομοριακής συνεδρίας είναι 60 λεπτά και κάθε επανεξέταση ολοκληρώνεται εντός 30 λεπτών.